Le service psychologique de l'Armée fait interdire la réalisation du film intitulé initialement L'Objecteur, puis Tu ne tueras point. La production et la réalisation auront finalement lieu en Yougoslavie. Le film est interdit en France, engagée dans la guerre d'Algérie, en Allemagne et en Italie. Dans ce dernier pays, le ministre des Spectacles juge le sujet inopportun, subversif. La chanson du film, L'Amour et la Guerre, écrite par Bernard Dimey et mise en musique et chantée par Charles Aznavour, est interdite sur les ondes nationales dès 1960,. La sortie du film est autorisée en France en 1963. En 1963, Claude Autant-Lara et les scénaristes du film, Jean Aurenche et Pierre Bost, signent avec des dizaines de personnalités de premier plan un appel du Comité de secours aux objecteurs de conscience pour réclamer un statut pour les objecteurs. Le 8 mai 1989, il déjeune avec Jean-Marie Le Pen et annonce qu'il se présente avec le Front national aux élections européennes. Le 18 juin 1989, il revient sur le devant de la scène médiatique, de manière controversée, en étant élu au Parlement européen sur la liste du Front national, lui qui avait été pourtant président du Syndicat des techniciens de la production cinématographique CGT de 1948 à 1954, puis président de la Fédération nationale du spectacle CGT de 1954 à 1963 (syndicat et fédération comprenant nombre de membres du parti communiste) et avait défendu sincèrement les conditions d'emploi et de travail des artistes, des ouvriers et des techniciens de la production cinématographique, et l'institution d'une régulation économique qu'a constitué le Fonds de soutien du CNC. Doyen d'âge de la nouvelle assemblée, il préside, en application du Règlement de celle-ci, la session inaugurale, en juillet 1989. Il prononce un discours où il exprime notamment ses inquiétudes face à la menace culturelle américaine. La quasi-totalité des députés sortent de l'hémicycle afin de ne pas assister au discours d'un élu du Front national. À la suite de cette polémique, à l'initiative de son directeur, Georges-Marc Benamou, il tient des propos reproduits par le mensuel Globe en septembre 1989, affirmant au sujet de Simone Veil : Que vous le vouliez ou non, elle fait partie d'une ethnie politique qui essaie de s'implanter et de dominer… Oh elle joue de la mandoline avec ça [les camps de concentration]. Mais elle en est revenue, hein ? Et elle se porte bien… Bon alors quand on me parle de génocide, je dis, en tout cas, ils ont raté la mère Veil ! (kakemphaton avec : la merveille). Dans le même entretien, le cinéaste vilipende également la juiverie cinématographique internationale. Il répond, lorsqu'on lui demande s'il est révisionniste : Oui, évidemment. Quand on regarde les choses d'un peu près, on voit bien qu'on est bourré d'histoires, de mensonges... Auschwitz... Le génocide, on n'en sait trop rien. Le prétendu génocide... Personne ne parle du génocide des Indiens par les Américains. N'est pas génocide qui veut !. En raison de la polémique provoquée par ses propos, Claude Autant-Lara démissionne de son siège de député européen ; il est remplacé par Jean-Claude Martinez. Le garde des Sceaux d'alors, Pierre Arpaillange, fait engager des poursuites pour injures raciales, diffamation raciale et incitation à la haine raciale. Claude Autant-Lara sera relaxé, les propos ayant été tenus dans le cadre d'une conversation téléphonique. En outre, les membres de l'Académie des beaux-arts, dont il était vice-président pour l'année, lui demandent de ne plus siéger parmi eux. Il sera remplacé, à sa mort, par le cinéaste Francis Girod, lequel prononcera, le 17 décembre 2003, son éloge sous la Coupole. Après ces polémiques, Claude Autant-Lara participe à une série d'entretiens avec le Suisse Freddy Buache, directeur de la Cinémathèque suisse, dans lesquels il révèle nombre d'anecdotes qui avaient jalonné la réalisation de ses films.