Son œuvre instrumentale la plus connue, Lachrimæ ou Seaven Teares Figured in Seaven Passionate Pavans ... (Pleurs, ou Sept larmes représentées par sept pavanes passionnées ...) est un groupe de sept pavanes pour cinq violes (donc à 5 parties instrumentales) avec un luth soutenant cette polyphonie, publiée en 1604. Chacune d'entre elles étant fondée sur le "motif des larmes" Flow, my tears (« Coulez, mes larmes »), quatre notes descendantes qui proviennent d'une pièce de luth que Dowland avait originellement composée dès les années 1590. Cette pièce devint l'une des plus connues de la musique pour ensemble instrumental de cette époque. Sa pavane Lachrymæ antiquæ fut aussi l'un des grands succès du XVIIe. Les pièces chantées de Dowland traitent de différents thèmes. Musicalement, il s'agit principalement de chants strophiques, plus rarement de pièces à composition continue (durchkomponiert en allemand), c'est-à-dire composées de bout en bout puisqu'on n'y trouve pas les formules simplement reproduites de strophe en strophe. L'accompagnement est en grande partie homophone, enrichi cependant par de nombreux ornements. Quelques airs, comme Flow, my tears ou Oh, sweet woods (« Ô, doux bois ») contiennent aussi des passages polyphoniques à composition continue (durchkomponiert), mais la polyphonie reste dans les limites de ce qui peut être joué au luth. La manière de déclamer le texte le laisse distinct et compréhensible en permanence et les ornements sont utilisés comme éléments expressifs. Les œuvres instrumentales de Dowland ont une importance particulière. Ses compositions pour ensemble de violes de gambe avec accompagnement de luth marquent dans l'histoire de la musique européenne un premier point culminant dans le développement d'une musique instrumentale indépendante de la voix. La musique de Dowland exprime souvent la mélancolie, un sentiment très présent dans la musique, les arts et les préoccupations de l'époque élizabéthaine, en faisant un véritable courant artistique et littéraire. En témoignent les publications du médecin Timothy Bright en 1586 (Traité de la mélancolie), et de Robert Burton en 1621 (L'Anatomie de la mélancolie). Dowland écrivit d'ailleurs une pièce pour consort dont le titre pourrait selon certains résumer son œuvre. Elle est intitulée, en latin : Semper Dowland, semper dolens (Toujours Dowland, toujours souffrant). Cette humeur mélancolique est mise en relief par une harmonisation riche en couleurs et en dissonances. Ce serait cependant oublier d'autres pièces plus humoristiques, comme My Lord Chamberlain, His Galliard une invention pour deux luthistes jouant sur un seul luth. Elle utilise le rythme de la danse appelée gaillarde.